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先导优化:不看脱靶结构,也能抬特异
药效优化常只追结合力,脱靶口袋不知道就没法控特异。SurfSpec 用口袋—配体几何错配做保守下界,在 CrossDocked2020 上压错配、抬经验特异,亲和力仍能跟。
结构基先导优化要抬靶点结合,又要躲开脱靶口袋。现有追亲和力的方法不显式控特异;显式控特异的又常要先知道脱靶结构。Hwang、Gang、Lee 等人做 SurfSpec:分析配体与靶点口袋的几何错配,给几何上分开的脱靶类一个不依赖脱靶结构的保守特异下界。
把口袋—配体错配度量化后,三角不等式说:缩小靶点—配体错配,会抬高对分开脱靶类的错配下界,再经几何—亲和力标定可译成特异下界。框架交替两步:朝选中的靶点表面补丁长连接子(几何伪标签),再在口袋条件配体先验下精修成合法配体。CrossDocked2020 测试集上,SurfSpec 压几何错配,经验特异超过他们评过的无脱靶先验基线,靶点亲和力提升仍有竞争力。预印本,未经同行评审。摘要未给具体特异分数表,本文不补。
AI 生成
出处
- Hwang et al., arXiv:2609.02963 · 2609.02963